همدرسی با مرحوم آقاسیدمصطفی خمینی و حضور فعال و مستمر در درسهای امام خمینی موجب شد تا رهبر انقلاب نسبت به ایشان عواطف و علاقه مخصوصی داشته باشند.
پیرامون علاقه امام به او داستان های زیادی نقل شده که جریان زیر نیز به نقل از فرزند ایشان (حجت الاسلام والمسلمین جواد فاضل لنکرانی) خواندنی است :
آن موقع که پدر به طور همزمان دبیری جامعه مدرسین و دبیری شورای مدیریت حوزه را بر عهده داشتند یکی از آقایان مسوولان در مصاحبه ای مطالب نامناسبی پیرامون حوزه گفته و بعضی از حرفهای خود را به امام منتسب کرده بود.
روزی به همراه پدر برای ملاقات امام به جماران رفتیم. من پس از بوسیدن دست امام از اتاق خارج شدم.
سپس امام و مرحوم حاج سیداحمدآقا و آقای فاضل جلسه خصوصی تشکیل دادند.
پس از ملاقات ، ایشان به من گفت : به امام عرض کردم مگر حضرتعالی مرا نمی شناسید؟ فرمودند: چرا. عرض کردم مگر شما در حوزه ، ما را به عنوان مسوول قرار ندادید؟ گفتند: چرا ، عرض کردم مگر من هر ماه یک بار گزارش حوزه را حضورا به شما عرض نمی کنم؟ گفتند: چرا، همه اینها درست است.
(پس از این سوال و جوابها با لحن تندتر سوالی کرده بودند که وقتی برای من نقل کردند اشک در چشمانشان جمع شد که من چرا با امام تند صحبت کردم).
به امام عرض کردم : پس این چه حرفهایی است که فلانی از قول شما نقل کرده است؟ امام پرسیدند: فلانی چه گفته؟ عرض کردم : با روزنامه مصاحبه کرده و گفته امام راجع به حوزه فلان حرف و بهمان نظر را دارد.
این چه حرفی است شما راجع به حوزه زده اید؟ امام فرمودند: آقای فاضل ، آن روز که این آقا آمد پیش من این احمد حاضر بود; من چنین حرفی نزدم.بیخود این حرف را از قول من نقل کرده.
من اگر راجع به حوزه مطلبی داشته باشم باید به شما بگویم. من به شما همان علاقه ای را دارم که به مصطفی داشتم و رفتاری را که با مصطفی داشتم با تو دارم و تعبیر ایشان این بود که من تو را از کوچکی بزرگ کرده ام و همین طور هم بود.
(وقتی پدر این مطلب را برای من نقل کردند ، دیگر کاملا منقلب شده بودند.) آیت الله فاضل در مناسبتی دیگر ، از روابط عاطفی خود با امام خمینی بیشتر پرده برمی دارد: ارتباط ما با امام خمینی ، مثل ارتباط اعضای یک خانواده بود و یک نوع عواطف خاصی نسبت به من داشتند و متقابلا من نسبت به ایشان.
علاقه حضرت امام نسبت به ایشان روزافزون بود آن گونه که امام در سال 56 در پاسخ تسلیت آیت الله فاضل به مناسبت شهادت آیت الله سیدمصطفی خمینی با عبارت:«ان شاؤالله تعالی موفق به خدمت به حوزه های اسلامی باشید و افاضل از برکات شما بهره مند شوند».
اعتماد علمی فراوان خود را به ایشان اعلام کردند.
توجه و اعتقاد علمی امام به آیت الله فاضل در حدی بود که نقل است ایشان دستور دادند:
1- برخی از کتابهای بسیار مهم علمی شان قبل از چاپ ، مورد ملاحظه آیت الله فاضل قرار گیرد و بعد از دیدن ایشان چاپ گردد. این مطلب در قلمرو مباحث علمی و تخصصی حاکی از اعتماد بسیار قوی امام به آیت الله فاضل بوده است.
2- هنگامی که تقریرات درسی ایشان را ملاحظه کرده بودند ، فرمودند من خودم که گوینده این مطالب هستم به خوبی ایشان نمی توانم بنویسم.
3- یکی از تقریرات مفصل درس امام که توسط آیت الله فاضل تحریر گردیده از مباحث طهارت است که اتفاقا خود امام آن را ننوشته اند و با آن بحث ، موضوع طهارت کامل شده است.
این نوشته را امام از ابتدا تا انتها دید و در تمام این کتاب فقط در یک مورد یک سطر مطلبی را مرقوم فرمودند. این یعنی تمام آنچه که ایشان نوشته دقیق و عمیق است.
اما اعتماد مطلق و کامل امام خمینی زمانی به نمایش درآمد که وصیت کردند بعد از ایشان وجوه شرعیه ای که در اختیارشان مانده بود توسط آقای فاضل و شورای مدیریت به مصرف حوزه برسد و بعد از رحلت امام با اقدام مرحوم حجت الاسلام سیداحمد خمینی تا 27 ماه شهریه امام خمینی توسط حضرت آیت الله فاضل لنکرانی پرداخت شد.
این نظیر وصیت آیت الله بروجردی به پدر ایشان بود که پیشتر گذشت.
