با وجود سفارش آن حضرت به نهان داشتن شرایط جسمى و وضعیت روحى‏اش پس از آن رویدادهاى تلخ، و با وجود رازدارى امیر مؤمنان، سرانجام خبر بیمارى بانوى بانوان در مدینه منتشر گردید و همگان از شرایط آن حضرت آگاه شدند. لازم به یادآورى است که فاطمه علیهاالسلام از بیمارى سختى شکایت نداشت که غیرقابل مداوا برسد، بلکه آنچه او را سخت رنج مى‏داد و پیکرش را آب مى‏کرد، امواج دردها و مصیبتها و رنجهایى بود که هر روز بر آن افزوده مى‏شد و این فشارها بود که بر رنج و بیمارى برخاسته از صدمات وارده در یورش به خانه‏اش، کمک مى‏کرد تا بانوى سرفراز گیتى را به بستر شهادت بکشاند.
در کنار اینها فشار سوگ پدر و گریه بسیار بر آن حضرت نیز از عواملى بود که باعث شدت بیمارى و زوال شادابى و طراوت از خورشید جهان‏افروز وجود او مى‏شد و باید ستم و خشونت و مواضع ناجوانمردانه‏ى برخى از مسلمان‏نماها و نیز تحول ارتجاعى در سیستم سیاسى و دگرگونى کارها و تغییر اوضاع و شرایط به سود ارتجاع و جاهلیت را نیز از عواملى برشمرد که فشار دردها و رنجها را هر لحظه بیشتر مى‏ساخت و خورشید وجود اندیشمندترین و آزاده‏ترین بانوى جهان هستى را بسوى افق مغرب پیش مى‏برد.
فاطمه در یورش دژخیمان دولت غاصب به خانه‏اش به گونه‏اى میان در و دیوار فشرده شد که علاوه بر وارد آمدن صدمات سخت بر وجود گرانمایه‏اش، جنین وى نیز سقط گردید و تازیانه‏هاى بیدادى که بر پیکر مطهرش فرود آمد، بدنش را مجروح و خون‏آلود ساخت و آثار عمیقى در آن نازنین‏بدن برجاى نهاد. و نیز ضربات شدید دیگرى بر او وارد آمد که جسم و جان و روح ملکوتى‏اش را به شدت آزرد.
آرى همه‏ى این امور و رویدادهاى دردناک دست به دست هم دادند و آن حضرت را به بستر بیمارى کشانده و از انجام کارهاى خویش بازداشتند.
حضرت امام حسن مجتبى علیه‏السلام در یک مجلس مناظره در حضور معاویه خطاب به مغیرة بن شعبه فرمود: «تو مادرم را زده و مصدوم و مجروح ساختى، تا اینکه او بچه‏اش را سقط کرد...» (انت الذى ضربت فاطمة بنت رسول‏اللَّه صلى اللَّه علیه و آله حتى ادمیتها و القت ما فى بطنها...) (1)
و حضرت امام صادق علیه‏السلام با تصریح بیشتر در مورد علت بیمارى و شهادت فاطمه علیهاالسلام مى‏فرمایند:
و کان سبب وفاتها ان قنفذا مولى الرجل لکزها بنعل السیف بامره فاسقطت محسنا، و مرضت من ذلک مرضا شدیدا. (2)
سبب شهادت فاطمه این بود که قنفذ (غلام خلیفه دوم) با غلاف شمشیر او را زده و بچه‏اش را کشت و مادرم از این جهت به بستر بیمارى افتاد.
اسماء لحظه‏اى حضرت را به حال خود واگذاشت و بعد صدا زد و جوابى نشنید، صدا زد اى دختر محمد مصطفى، اى دختر گرامى‏ترین کسى که زنان حمل او را عهده‏دار شدند، اى دختر بهترین کسى که بر روى ریگ‏هاى زمین پاى گذارده، اى دختر کسى که به پروردگارش به فاصله دو تیر کمان و یا کمتر نزدیک شد، اما جوابى نیامد چون جامه را از روى صورت حضرت برداشت، مشاهده کرد از دنیا رخت بر بسته است، خود را به روى حضرت انداخت و در حالى که ایشان را مى‏بوسید گفت: فاطمه آن هنگام که نزد پدرت رسول خدا رفتى سلام اسماء بنت عمیس را به آن حضرت برسان، آنگاه گریبان چاک زده و از خانه بیرون آمد، حسنین به او رسیده و گفتند: اسماء مادر ما کجا است؟ وى ساکت شد و جوابى نداد، آنان وارد اتاق شده دیدند حضرت دراز کشیده حسین علیه‏السلام حضرت را تکان داد دید از دنیا رفته است، فرمود: اى برادر خداوند تو را در مصیبت مادر پاداش دهد.
حسن خود را بر روى مادر انداخته و گاهى مى‏بوسید و مى‏گفت: اى مادر با من سخن بگو پیش از آن که روح از بدنم جدا شود، و حسین جلو آمده و پاهاى حضرت را مى‏بوسید و مى‏گفت: اى مادر من پسرت حسینم، پیش از آنکه قلبم منفجر شود و بمیرم با من صحبت کن.
اسماء به آنها گفت: اى فرزندان رسول خدا بروید نزد پدرتان على علیه‏السلام او را از مرگ مادرتان خبردار کنید، آن دو از منزل بیرون رفته و صدا مى‏زدند:یا محمداه یا احمداه، امروز که مادرمان از دنیا رفت رحلت تو تجدید شد، بعد به مسجد رفته و على علیه‏السلام را خبردار کردند حضرت با شنیدن خبر فوت فاطمه علیهاالسلام از هوش رفت و با پاشیدن آب بر او به هوش آمد و چنین گفت: اى دختر حضرت محمد به چه کسى تسلیت بگوئیم، من همیشه به وسیله تو دلدارى داده مى‏شدم، بعد از تو چه کسى موجب دلدارى و تسلیت من خواهد شد.